遗赠之前已有的法人框架
约翰·霍普金斯大学的创办，始于巴尔的摩商人、银行业及铁路投资者约翰·霍普金斯安排的教育与慈善事业。1867年8月24日的设立文书，依据马里兰州法律组成以促进本州教育为目的的大学法人，并指定十二名董事管理事务。因此，1876年是实际开办的重要节点，不能覆盖此前的法律组织过程。
霍普金斯于1873年去世，遗赠为大学和医院各提供约350万美元。吉尔曼在就职演说中特别提醒听众，不应把两项合计700万美元都算成大学经费。大学与医院相关联，却有分别设立的基础；遗赠者并没有替大学写好完整的课程和研究制度。
选择校长与分阶段开办
董事会在1874年恢复筹办工作，搜集大学历史书籍，考察剑桥、纽黑文、伊萨卡、安娜堡等地院校，并向哈佛校长查尔斯·艾略特、康奈尔校长安德鲁·怀特和密歇根大学校长詹姆斯·安吉尔征询意见。12月30日，董事们选定丹尼尔·科伊特·吉尔曼为首任校长；翌年他赴欧洲访问学术机构，再把所见转化为办学方案。
1876年2月22日，吉尔曼在巴尔的摩音乐学院礼堂发表就职演说，强调研究、人才和教学自由。1879年正式校刊年表另列9月13日开校、10月3日开始授课。本词条以10月3日的教学启动为日期节点，区别典礼与筹备开放。最初校舍位于市中心霍华德街一带；演说展望的克利夫顿永久校园，仍属未来计划。
师资与学生的组合
吉尔曼把延揽学者放在显眼建筑之前。早期教师包括古典学者巴兹尔·吉尔德斯利夫、数学家詹姆斯·约瑟夫·西尔维斯特、物理学家亨利·罗兰、化学家艾拉·雷姆森和生物学家亨利·纽厄尔·马丁。文献、语言与实验科学并行，大学并非只为一种专业训练服务。
1879年校长年报回列首学年登记学生八十九人，其中五十四人为包括研究奖助生在内的研究生。学校也保留本科教学及不以学位为目标的学习。年报记述小班、个人指导、实验室练习与野外观察等办法，数学、希腊文和历史教学采用部分德国研讨班方法。研究生培养重在进入专门问题，而不只是延长普通课程。
奖助制度把潜力转成研究时间
奖助职位把学习同未来职业连接起来。1879年报告说明，遴选不是只奖励过去成绩，而是支持有潜力者继续深造，培养教师与研究者。获得津贴者可以把时间集中用于学习；对大学而言，这也是建立后续教学力量的办法。
遴选有一套具体程序：候选人提交学历证明、推荐、已有作品和未来计划，学科负责人先审查，教授集体讨论提名，再经校长和执行委员会送董事会任命。研讨班则由教授带少数高年级学生沿同一问题工作。吉尔曼1893年的报告强调，学生须查验资料来源、追踪争论并接受持续指导；学术社团的较大聚会另供成员报告不同研究，两种组织各有用途。
从校内研究通向学术出版
1879年年报把出版视为教学与研究的延伸。当时需要能及时容纳较长专业论文的刊物，董事会因而支持创刊，并向校外作者开放。《美国数学杂志》由西尔维斯特任主编、威廉·斯托里负责日常编辑，邀请欧美数学家合作。这比把出版视为校内宣传，更能解释其运作方式。
年报列出该刊第一卷四十九项来稿，其中十一项出自西尔维斯特，七项来自本校其他成员，也有凯莱、克利福德等英国学者的论文。1879年12月校刊还刊出订阅信息：一年四期，整卷五美元，并注明首卷为1878—1879年。编辑、定期出版和面向外界的发行，把师生工作接入跨大西洋的讨论网络。
研究理想与准入限制
办学理想并未自动带来平等准入。1879年校刊把克里斯蒂娜·拉德另列在正式奖助生名单之外的附注，说明董事会允许她继续学习一年，并给予通常的奖助津贴。斯皮尔曼根据原始通信的研究指出，她获特别许可听西尔维斯特的课，却未按正式学生登记；到1882年完成研究训练时，仍不能取得相应博士学位。教授支持、经济资助与正式资格之间，存在制度性距离。
医学教育也分期发展。吉尔曼1893年报告记载，医院建设延误等因素曾使医学课程推迟；女性捐助者随后以女性和男性同等入学为条件筹资，医学院于1893年10月开学。早期大学把基金、教师、奖助、研讨和出版连接起来，其发展也伴随围绕资格与资源分配的持续争论。