1755年的王室决定
马德里皇家植物园的建立，与宫廷医药人员推动植物学教育有关。王室药剂师何塞·奥尔特加（José Ortega）通过马德里皇家医学学会主席、宫廷医师何塞·苏尼奥尔（José Suñol），向斐迪南六世提出设园建议，希望以专门设施支持药用植物的认识和教学。
1755年10月17日，国王批准在城外米加斯卡连特斯园地建立皇家植物园，苏尼奥尔负责统筹。11月21日，何塞·克尔（José Quer）和胡安·米努阿尔特（Juan Minuart）分别获任第一、第二教授。教学、栽培和行政管理由此获得王室支持下的人员安排。
从个人收藏到公共园地
克尔曾任军医，在旅行和同行交往中积累植物，建园前已在马德里数处园地栽培。他于1748年自费租用米兰达伯爵的住宅与花园，在照管收藏的同时供求学者观察植物；这些活体材料后来成为皇家植物园初期种植的重要来源。
米加斯卡连特斯旧址位于通向埃尔帕尔多的道路旁，与同名林地相对，靠近曼萨纳雷斯河。其灌溉依赖穿园而过的坎塔拉纳斯溪。现代研究结合地契与地图，将其范围定位在蒙克洛亚宫、旧道路和溪流之间；这处原址与后来普拉多大道上的植物园分属两个阶段。
参考：[3]
教授薪额与栽培支出
建园安排把第一教授的报酬定为12,000雷亚尔，第二教授为8,000雷亚尔，另列8,000雷亚尔支付园丁、800雷亚尔支付两名担任门卫的伤残退伍士兵。经费取自皇家医政机构Real Protomedicato的结余，也用于整地、腐殖土、花盆、玻璃罩以及教授外出采集。
从一般园地转成教学设施，还需要移走果树、布置种植区、设置围栏和温室。水利维护不断消耗经费：1756年输水设施塌陷后的修理账单达5,636雷亚尔，奥尔特加曾垫付部分费用。植物收藏能否持续生长，取决于这些具体的劳务、材料和付款。
参考：[1]
以活植物进行演示
植物学课程于1757年开始，由克尔和米努阿尔特主持，春季公开授课特别适合观察植物生长与开花。克尔强调植物的医药用途，采用图尔内福的分类方法组织教学，以花冠形态区分类别，再结合果实等性状进一步辨认。
早期没有正式印行的课程教材。1762年，克尔向学生口授的讲义整理成手稿，按照22个类别说明植物及其用途。园中的分类种植区、药用植物畦和实物演示彼此配合，使辨认植物成为可以反复观察的练习，而非只凭书本名称记忆。
参考：[2]
1761年的采集与留园分工
1761年，克尔在完成当期教学后申请前往莱昂、加利西亚和阿斯图里亚斯等地，补充此前尚未充分调查的植物。他在申请中说明，自己外出期间，多明戈·安德罗雷负责园中照料和种子采集，避免旅行使日常栽培中断。
申请也列出个人承担采集和《西班牙植物志》印刷费用的困难。有关负责人支持补助，国王于1761年7月批准给付5,000雷亚尔。随后出版的植物志把旅行观察、植物描述、图版和药用知识联系起来。园外采集、园内保存、课堂演示与著述，构成同一研究工作的不同环节。
分类变化与迁往普拉多
克尔去世后，米格尔·巴尔纳德斯于1764年接任，逐步引入林奈的方法，同时保留部分旧有教学实践。植物园还通过与博洛尼亚、巴黎、莱顿和阿姆斯特丹等地同行往来，以及西班牙各地通信员的寄送，扩充研究材料。
旧园远离城市中心，影响学生和访客到达。查理三世在1774年推动迁往普拉多，新址于1781年投入使用。1755年的创设已形成教授、园丁、经费和植物收藏相结合的工作组织，迁址则为既有的教学与研究安排提供了新的场所。