战时决定与成立命令
第二实验室的形成，始于苏联政府在战争中重新集中原子能研究力量。1942年9月，国防委员会要求科学院恢复有关研究；1943年2月11日的决定进一步明确库尔恰托夫承担科学领导职责。政府希望判断原子能的军事用途，实验室最初的任务因此具有鲜明的战时背景。
4月12日，科学院发布第121号命令，组织“苏联科学院第二实验室”。研究所的机构报告把这一命令与2月11日的国防委员会决定并列，并记载3月10日第122号命令对库尔恰托夫实验室主任职务的任命。政府决策、领导任命和科学院建制先后推进，4月的建制日期成为研究所采用的成立纪念日。
编制、人员与拨款之间
1943年度统计报告记载，年末计划编制为123人，实际在编45人；其中科研人员9人、科学技术人员19人、其他人员17人。这份人员表记录了实验室在创设当年的编制落实情况，显示研究队伍仍在调集。
统计报告附带的财务说明还指出，工资支出没有用足，与人员不足及缺乏工作场所有关。这使经费问题具有两面性：既要争取国家资源，又必须解决让人员实际到岗、开展工作的条件。1944年，人民委员会储备基金为实验室有关工作安排400万卢布，资助仍通过国家行政体系落实。
把机构安置到莫斯科
实验室逐步在莫斯科西北郊的波克罗夫斯科耶—斯特列什涅沃地区建立基地。1944年春，研究人员迁入的一片约20.5公顷土地上已有战前为全苏实验医学研究所修建的建筑。旧建筑经过修整和设备安装，陆续接纳实验、办公与生活活动。
1944年1月29日，实验室副主任贡恰罗夫向米哈伊尔·别尔乌欣报告工程拖延：建筑工人数从500人减至240人，两班施工改为一班，原先承诺的年初竣工未能实现。食堂、机械工场和仓库尚未就绪，已建成的部分房间也难以投入使用。报告将后勤设施视为人员迁入的实际前提。
一次设备转运中的协作
研究条件也依靠其他机构支援。列昂尼德·涅梅诺夫与工程师彼得·格拉祖诺夫负责把列宁格勒物理技术研究所的科学设备和材料拆卸、包装并运往莫斯科。第二实验室1943年7月19日的第31号命令，对两人在困难条件下完成这项工作表示感谢，并提出发给奖金。
这次转运结合了不同人员和机构的工作：科学人员辨认所需仪器，工程人员承担拆装与运输，原单位提供设备，新实验室接收并安置。跨城市、跨单位的物资协调，把仪器和材料汇集到莫斯科，为此后的回旋加速器建设提供条件。
参考：[4]
行政建制逐渐成为研究机构
第二实验室一面接受科学院的组织管理，一面由国家领导机关协调重要资源。1944年初的建设报告就是实例：实验室把问题报给别尔乌欣，后者批示施工负责人加快完成房屋；科学院基建部门则对尚未完成的工程和缺陷作出记录。研究单位、建设单位与政府部门通过报告、检查和批示推进工程。
由此看，1943年成立的关键，是把分散的科学力量置于库尔恰托夫领导的专门组织中。到1944年，人员、房屋、仪器与财政支持仍在逐项补齐。后来以库尔恰托夫命名的研究所，正是在这一组织基础上扩展；它的创设史也保留了战时科研如何依赖普通行政与后勤工作的清晰记录。