1796年的创设是私人协会的行动
布拉格国立美术馆把自身渊源追溯到1796年2月5日成立的爱国艺术之友协会。最初的行动者是波希米亚的贵族收藏家、城市知识人士和艺术家，其中包括弗朗齐歇克·约瑟夫·施特恩贝格—曼德沙伊德、贝德日赫·扬·诺斯蒂茨以及画家扬·奎林·雅恩。这个私人协会通过赞助、借展和艺术教育，组织起面向公众的收藏。
修道院和教堂关闭、贵族藏品出售及艺术品外流，使当地文化人士担心旧有作品继续散失。协会计划把保存作品、提高公众鉴赏能力和培养艺术家结合起来，分别通过公共画廊和绘画学校实现。收藏因而既是保护对象，也是可供观看、临摹和学习的材料。
切尔宁宫中的公共画廊
1796年4月12日，协会开始建立画廊藏品，同年年底已经向公众开放。最早的馆址在布拉格城堡区的切尔宁宫，扬·鲁道夫·切尔宁免费提供小画廊及相邻厅室。观众可在管理员陪同下免费参观；画作主要来自成员及支持者的长期或定期出借，而非统一归馆所有。
这种安排很快带来大量可展示作品，也使展览依赖私人业主的选择和场地条件。1809年，切尔宁宫需要让位给军队医院，画作被移往临时存放地点。协会随后购入并改造城堡区的施特恩贝格宫，画廊于1814年在那里重新开放。
会费、竞价与借展组成的经费制度
协会早期章程不允许它自行拥有艺术品。成员年度缴款先形成购藏基金，协会买下作品后，再让缴费成员竞价取得所有权，买主须将作品继续留在画廊展出。早期规定以十年借展为条件，1800年印行章程改以登记入册起十一年来计算。出售所得回流基金，私人产权和公共展示因此交织在一起。
第一次竞价于1797年4月12日举行，所涉作品是一年前以基金购入的六幅画。委员会随后细化报价、截止时间、两名会员确认记录及交由出纳结算的程序。不过，拍得价格可能低于协会购入成本，借展作品也会被继承人收回。1835年章程调整，协会才得以拥有自己的艺术收藏，减少对可撤回借展的依赖。
作品展示与艺术家训练相互配合
筹办学校需要皇帝批准，进度慢于画廊。1799年9月10日的敕令准许设立绘画学院，学校于1800年开展活动。协会提供经费和克莱门特学院建筑群内的修整场所，画家约瑟夫·贝格勒担任首任教师兼负责人。招收有才能而缺乏财力的学生、提供奖学金和组织竞赛，是这一培养安排的组成部分。
学生的支持有时与记录旧有艺术古迹的委托相联系。协会还筹办在世画家画廊，由认购者集资购买或订制当代作品，再依规则抽签分配并继续借展。对古代作品的观察、对新人的训练和对在世艺术家的委托，由同一批赞助人组织起来。
登记、通信和文献保存
协会的知识工作首先落实在日常管理。干事负责将作品写入入藏目录、处理通信、办理交易并准备会议，主席主持议事与表决。这些记录把画作、业主和交易联系起来，也让后来的研究者能够追查作品进入公共收藏的过程。
1801年，协会以100古尔登购入雅恩保存的布拉格画家兄弟会旧档案，成为其档案积累的早期线索。档案保管起初仍依赖历任主席和干事个人，直到1839年才决定集中检查并存放于协会图书馆的柜中。一些早期材料流散进家族档案，后来整理机构史和收藏来源时，必须对照多处记录。
从协会文献到合作研究
1933年，协会画廊转入国家管理。其留下的收藏、图书和文书，继续成为后来的国立美术馆进行艺术史研究的基础。现代合作可以从一个具体项目看出：据《2020年年度报告》，馆方图书馆与捷克国家博物馆图书馆合作开展Provenio项目，在不同图书馆之间重建分散的波希米亚文献旧藏关系。
同一年，馆方借助捷克文化部VISK 7资助方案，将1872—1935年艺术协会的展览目录数字化，并通过数字图书馆提供利用。合作不只是交换展品，还包括整理书籍来源、建立目录和开放历史材料。私人赞助留下的记录，因档案整理、图书馆协作和公共经费支持，转化为可供校对与研究的证据。