乡村冲突发展为义和团运动
十九世纪末，山东和直隶部分地区的拳会活动扩大。灾荒、失业与地方冲突加重不安，教会保护和外国特权又改变诉讼及社区关系。参加者借助练拳、仪式和神灵信念组织行动，攻击教堂、传教士及中国基督徒。不同村落的动机和组织方式并不相同，地方官员有镇压、容忍和利用等做法。运动随后向北京、天津扩展，地方暴力逐步与清朝的外交和军事冲突连在一起。
北京围困与联军进攻
1900年，义和团进入京津，清廷内部围绕如何应对列强和拳民发生激烈争论。外国使馆区遭围困，部分清军参与作战，另一些官员则与列强维持地方安排。多国军队经天津推进北京，八月占领京城，慈禧和光绪向西逃离。战争造成居民伤亡、抢掠和建筑破坏，中国基督徒也在多地遭到杀害。不同军队、拳民和官员在冲突中的行动，使危机同时发生于首都、乡村和港口。
赔款、驻军和新政继续影响清朝
1901年的《辛丑条约》规定赔款、惩办有关官员及外国驻军等安排。长期赔款加重财政负担，中央与地方的力量关系也在战争中变化。清廷随后推动新式教育、军队训练和行政改革，试图恢复统治能力；官员和民间对外国特权的批评继续增长。危机后的城市重建、财政征收和学校扩展直接改变居民生活，一些赔款后来转用于教育。庚子事变在外交制度、公共记忆和晚清政治中都留下持续后果。