从独立宣告到三方会议
1911年清朝统治瓦解之际，外蒙古的王公和喇嘛拥立哲布尊丹巴呼图克图为博克多汗，建立自己的政府。北京的中华民国政府要求继承清朝疆域，库伦方面追求独立国家地位，俄国则谋求边境安全与商业利益。派官、驻兵、收税和对外交涉的权限，成为三方争论的具体问题。
1912年的俄蒙协议支持蒙古的自治组织并确认俄国商业权益；1913年11月5日，中俄声明及换文又把中国宗主权和外蒙古自治并列，约定政治、领土问题由三方继续商谈。外蒙古不是那份中俄文件的签字方，因此它是否接受、怎样接受其中的框架，成为下一轮谈判的中心。
两种历法，同一次签署
三方代表自1914年起在俄国境内的恰克图谈判。中国代表有毕桂芳和陈箓，俄方为驻蒙古外交官兼总领事亚历山大·密勒尔；博克多汗政府派出司法、财政方面的全权代表，其中包括财政长察克都尔扎布。各方既争论外蒙古的名称、政治身份，也争论宗主权能落实为哪些具体权限。
协约署于公历1915年6月7日，相当于当时俄历5月25日。协约同时列出这两种历法的日期。第二十二条明确规定自签字之日起发生效力，并以中文、俄文、蒙古文和法文作成，发生解释问题时以法文为准。
自治与宗主权怎样并存
第二条要求外蒙古承认中国宗主权，同时由中国与俄国承认外蒙古自治、属于中国领土的一部分。第三条限制自治政府与外国订立政治、领土性质的条约；第五条又确认它处理内政及订立工商事务国际协议的专权。第六条要求中俄不干涉既有的自治内政制度。外交、内政与工商交涉因此分别适用不同安排。
这种分配也表现在象征与人员安排上。博克多汗名号由中华民国大总统册封，公文使用民国年历并可兼用蒙古纪年。中国驻库伦大员在正式场合享有优先地位，并对涉及宗主权和中国利益的事务行使监察；但其卫队上限为二百人，俄方驻库伦领事卫队上限为一百五十人，其他约定驻点的卫队一般各限五十人。
参考：[1]
商民、法院和电线
协约的另一半落在日常事务。中国商民运货进入自治外蒙古，免征关税，却仍须与当地居民一样缴纳内地货捐。中国属民之间的民刑案件由中国驻员审理，中蒙双方居民的混合案件则由双方官员会审，审理地点随被告身份而变。俄国属民另受既有俄蒙协议及相关会审安排约束。
第十七条把恰克图—库伦—张家口电线位于自治外蒙古的一段，规定为自治政府所有，转电局、收费与收入分配交由三方技术代表另议。同日附加照会又要求相关电报局最迟在签字后六个月内移交。通信设施的归属、具体交接期限和运营办法，被分成几个层次处理，具体的电报运营继续留待技术协商。
参考：[1]
划界委员会的安排
第十一条以原库伦、乌里雅苏台和科布多管辖范围为自治区域的基础，并要求三方代表在签字后两年内开始会勘划界。美国国务院1984年的边界研究指出，预定委员会并未组成，也找不到由此产生的划界或立界文件。
北京在1915年继续制定驻库伦及其他驻员的行政规则，试图把协约权限化为机构安排。与此同时，库伦政府仍维持自治内政。冯建勇的研究把这种局面解释为各方对宗主权含义并未真正取得一致：北京需要领土与政治联系，蒙古方面力争保留实际支配权，俄国则维护自己的介入地位。
妥协依赖的力量发生变化
俄国1917年的革命及其后的内战改变了这套安排的外部支撑。1919年中国军队重新进入外蒙古，继而发生的军事冲突和1921年政局变动，把问题带入新的阶段。此后蒙古地位和国家间边界，继续通过新的军事与外交进程演变。
恰克图协约留下的具体遗产，是把三方争议编入同一套相互牵制的条文：一方承认宗主权，另一方承认自治，俄方则通过既有协议和参与协商保有影响。它一度提供了办事框架，但框架能否运行，仍取决于驻员、地方政府和区域军事力量之间的现实关系。