轮换乘员，也轮换返航保障
联盟TMA-9承担国际空间站乘员运输和驻站救生船任务。俄罗斯航天员米哈伊尔·久林担任联盟飞船指令长，美国航天员迈克尔·洛佩斯-阿莱格里亚将任第十四长期考察组指令长；第三个座位属于美国企业家阿努谢赫·安萨里。她按商业协议短期访问，行程与两名长期驻站者不同。
联盟TMA沿用轨道舱、返回舱和仪器推进舱的三舱布局，只有返回舱随乘员落地。为扩大可乘坐人员的身材范围，TMA系列调整了座椅、减震机构和控制显示系统，并经过地面、投落及飞行试验。每名航天员配有贴合身体的座椅衬垫；即使由航天飞机送上空间站，也须把衬垫转入相应联盟飞船，保证紧急撤离时有合适座位。
两天交会后进入新驻地
2006年9月18日约04时09分，飞船从哈萨克斯坦拜科努尔发射。这里及以下时刻统一采用协调世界时；休斯敦通报所写的美国中部夏令时9月17日深夜，指的是同一次发射。9月20日05时21分，飞船与空间站对接，08时34分舱门打开。
等待他们的有第十三长期考察组成员，以及已在轨工作的欧洲空间局航天员托马斯·赖特。赖特继续留站，与久林、洛佩斯-阿莱格里亚组成三人考察组。俄美飞控人员安排新旧乘员交接设备状态、操作程序和生活条件，飞船抵达因而只是驻站任务的起点。9月29日，安萨里搭乘较早到站的联盟TMA-8返回；TMA-9则留在轨道上。
一次短访怎样进入长期研究
欧洲空间局为安萨里安排了四项实验。Chromosome-2使用飞行前后血样研究染色体变化与辐射影响；NEOCYTOLYSIS关注年轻红细胞的选择性破坏。Low Back Pain以每日问卷和地面检查记录腰背不适，SAMPLE则从人体及空间站开关、键盘等表面采样，调查微生物种类与环境适应。
这些项目需要跨越多次任务积累受试者资料。安萨里提供的血样、日常问卷与舱内采样，加入了这一持续进行的研究。欧洲空间局2006年度报告记载她参加了四项医学实验；短期访问由此也能成为空间站科学计划的一部分。
为下一艘来船腾出接口
长期停靠并不意味着飞船一直不动。2006年10月10日，久林驾驶TMA-9离开“星辰”号服务舱尾部接口，二十分钟后接到“曙光”号舱朝向地球的接口，为下一艘进步货运飞船让位。洛佩斯-阿莱格里亚和赖特一同乘船，空间站暂时转入无人运行状态。
2007年3月29日，飞船又用二十四分钟从“曙光”号移回“星辰”号尾部，为联盟TMA-10到来腾位。这时第三名乘员已是由航天飞机送来的苏妮塔·威廉姆斯。转移前主电池一度显示电压偏低，久林启用备用电池；检查表明变化与部分系统启动有关，主电池随后恢复正常。全员登船和预设空间站自主运行，保证了无法重新对接时仍可共同返航。
参考：[3]
驻站工作的载体与边界
TMA-9提供运输和撤离保障，驻站实验则主要在空间站各舱内进行。第十四考察组期间，威廉姆斯操作了麻省理工学院团队的SPHERES试验：三个直径约二十厘米的球形装置在舱内共同飞行，用微型推进器验证编队与自主对接技术。2007年3月的任务通报记载了这次三球联合试验。
设备维护和舱外施工也占据大量时间。洛佩斯-阿莱格里亚在本次长期任务中完成五次太空行走，其中三次集中在九天内，减少了重复准备的工时。联盟飞船负责接送和紧急返航，空间站则为长期实验、设备维护与组装工作提供驻地。
参考：[3]
返回时换了第三名乘员
2007年4月，联盟TMA-10送来接班人员及短期访问者查尔斯·西蒙尼。TMA-9返航时，第三个座位由西蒙尼使用，威廉姆斯继续留站。原定4月20日着陆的安排因地面湿软、可能妨碍直升机回收而延后一天，改用更南面的着陆区。
4月21日，久林、洛佩斯-阿莱格里亚和西蒙尼离站，返回舱于12时31分落在哈萨克斯坦草原。发射至着陆超过215天；其中安萨里的短访、西蒙尼的访问和两名主乘员的长期飞行各有起止。落地结束了TMA-9的在轨任务，长期乘员随后还须在莫斯科附近的星城接受医学检查、康复和任务总结。