巴黎条约建立的新联盟
1806年7月12日，法国与巴伐利亚、符腾堡、巴登、黑森—达姆施塔特等十六个德意志君主国订立《莱茵邦联条约》。法国外交大臣夏尔—莫里斯·德·塔列朗及各邦全权代表在巴黎签署文本。第一条把这些邦国从神圣罗马帝国分离出来，以“莱茵联合邦国”之名结合。
这一安排延续了法国利用德意志中小邦国牵制奥地利、普鲁士的外交构想，也回应部分诸侯寻求保护和扩大领地的需求。让·蒂拉尔的研究指出，拿破仑的计划经历多次变动，不宜把它写成自始确定的德国统一方案。
签署、退出帝国与放弃皇位
条约第三条要求成员在8月1日向帝国议会通知退出。当天在雷根斯堡发表的退出声明，把多年战争及帝国宪制失效作为理由，并强调法国皇帝提供保护。这是签署国为自身选择提出的政治论证，不能直接当作所有德意志人的共同意见。
8月6日，弗朗茨二世在维也纳宣布放弃帝国皇位，解除帝国等级、法院人员等对帝国首脑的义务；声明明确提及7月12日的邦联协议。因此，邦联条约签署、正式退出帝国和皇帝放弃皇位是相连而有别的事件。条约第四十条另预定7月25日在慕尼黑交换批准书，该条款本身并不是各国完成批准的实况清单。
纸面议会与实际支配
条约第六至十一条设计了设在法兰克福的邦联议会，分国王与诸侯两院，负责共同事务及成员争端。达尔贝格担任首席亲王，拟主持议会并提出基本章程；拿破仑以保护人身份任命其继任者。与此同时，第四条又保障各成员充分的主权，协调机构的权限因此需要继续商定。
这个议会实际上没有召开，基本章程也未落实。巴伐利亚国务会议记录的学术编校说明，1806年和1808年曾有组织草案，但未形成所设想的共同宪制。1811年巴伐利亚官员讨论民法时，仍把邦联进一步整合、普遍采用《拿破仑法典》视为可能的未来情形，而不是已经完成的事实。
协作的核心是军队与补给
第三十五条规定，法国或任何成员卷入大陆战争时，战争立即成为共同事务。第三十八条列出战时兵额：法国二十万、巴伐利亚三万、巴登八千，另有其他成员的配额。这些是约定责任，不能直接视为某次战役已到场的人数。
第三十七条尤其具体：巴伐利亚须加固奥格斯堡和林道，在前者维持炮兵设施及军粮烘焙能力，在后者储备枪械弹药。邦联的协作由此落实为征兵、设防、军需和交通保障等邦国义务，而非仅有外交宣言。蒂拉尔把其实际作用概括为服务法国军事与经济战争的组织，并指出后来的扩展同大陆封锁政策相联系。
扩张领土同时接收财政负担
条约将纽伦堡划归巴伐利亚、法兰克福划归首席亲王，并把许多小领地置于较大成员的主权之下。第二十六条列举立法、最高司法、警政、征兵和征税权；第二十七条却保留被并入诸侯的若干私产及领主权。地图简化并不等于地方特权立即全部消失。
财政安排同样落在各邦：第二十九、三十条按领土和收入分担旧行政圈及被并入领地的债务。乌尔曼对巴登的研究显示，战争、扩张带来的养老金与债务、行政军制改革和宫廷开支共同造成赤字。1808—1809预算年度，普通支出约350万古尔登，收入约300万；加上额外支出后，缺口约120万。随后的财政改革加强了中央机构及征税整合，不能把这些数字误作邦联共同预算。
改换同盟与邦联的终结
1813年10月8日，巴伐利亚与奥地利签订《里德条约》。第二条明确规定巴伐利亚退出莱茵邦联，加入反法同盟；第四、五条将其主权保证与新的军事协作结合，部队接受盟军最高指挥，但保持本国军官和内部规制。昔日支柱的转向揭示了联盟依赖法国优势的限度。
莱茵邦联在1813年瓦解，领土集中和各邦改革却不能一并视为消失。它既强化诸侯国家的统治资源，又把这些国家置于法国战争需求之下。对其“协作”的理解，应同时观察未能运转的共同议会、实际承担的军需负担，以及各邦保留并重新运用的主权。