从捐赠指示到开院
1889年5月7日，约翰·霍普金斯医院在美国巴尔的摩开院。它把住院救治、门诊、病理实验和医学教学安排在同一机构内。商人约翰·霍普金斯于1873年3月10日致信医院受托人，说明自己已经交付约13英亩土地，界址为沃尔夫街、纪念碑街、百老汇街和杰斐逊街，要求在这里建院。
信中要求向美国和欧洲的专家征求方案，建筑还须允许扩充，最终可容纳400名患者。霍普金斯希望1874年春开工，但方案讨论和工程实施持续更久，医院是在捐赠人去世多年后才开始服务。
病人是谁，费用由谁承担
霍普金斯要求免费接纳本市及周边需要内外科治疗的贫病者，不以性别、年龄或肤色区别对待；同时接收一定数量能够付费的病人，以增加贫困者可得到的照护经费。他还要求另设黑人儿童慈善设施、护士训练学校和康复安排，医疗救济因此与城市社会服务相连。
入院仍有明确边界。1889年的院规规定，医院处理事故、急性与亚急性疾病，以及可治愈的慢性病，不接纳被认定为不可治愈的病例。严重事故和危急病情可昼夜收入，一般病人先接受检查。门诊则针对无力支付医疗费的人，能够付费者不属于其免费服务对象。
建筑被当作卫生设施
受托人征集了五位专家的方案。美国陆军医生约翰·肖·比林斯参与总体规划，并赴欧洲考察；建筑师尼恩泽以及后来负责外观设计的卡博特与钱德勒事务所、巴尔的摩工程人员共同完成医院。病房分置于楼馆之间，以走廊联系，又让各楼保持相对独立的通风。
比林斯在开幕演说中解释，热水由中央锅炉送往病床下方的供暖装置，调节进气温度时仍应保持空气供应。墙与地板交界做成曲面，减少积尘死角；隔离病房让患者各居一室。建筑还把管道和排水装置做成可以查看的设施，使学生能够研究医院卫生条件。
分科与病历成为日常制度
大学校长丹尼尔·科伊特·吉尔曼与比林斯参与延揽人员。威廉·亨利·韦尔奇负责病理学，威廉·奥斯勒主持内科，威廉·斯图尔特·霍尔斯特德主持外科，霍华德·阿特伍德·凯利主持妇科。各科负责人、住院医师和助手形成分层组织。
院规要求住院医师至少早晚各巡视一次，把处方和给药方法写入病房记录，并核实执行情况。助手须记录病人的病史、可能病因、治疗过程及好转、康复或死亡结局。病理学教授同时担任医院病理医师，负责尸检和标本整理；病例观察、实验材料和教学由此形成经常性的联系。
护士训练也包括操作环境
护理学校既服务院内，又为城市家庭提供受过训练的护士。护士有独立宿舍、讲课室和训练厨房；护理负责人兼任学校负责人，管理学员录取、课程和病房护理，显示护理教育在医院组织中的专门位置。
历史学者阿利斯泰尔·费尔利用早期报告指出，护士最初的课程包含大气物理性质、通风研究和模型演示。病房进排气有许多控制装置，护理人员必须理解其用法。开院后的试验还要求护士逐小时记温，比林斯与亚历山大·阿博特整理温湿度资料，观察不同病房及季节的表现。照护工作因而也承担环境测量和设备调整。
医院与医学院分阶段结合
1889年开院时，比林斯已提出让经过充分基础训练的高年级学生住院学习，医院为此预留住宿和生活空间，并设置临床演示场所及病理实验室。他强调学生应在正式独立行医前，接触病人、练习判断并承担有监督的责任。
约翰·霍普金斯大学医学院到1893年才开办，入学要求包括大学学位，四年制医学教育再与医院相连。因此，1889年的医院开放、护理训练和1893年的医学学位教育是相继落实的环节。其早期特点在于把医疗、记录、实验与培养人员落实到病房和规章之中，后来其他机构借鉴的也是这套组织实践。