1988年的机构整合
1988年7月1日，日本国立天文台作为国立大学共同利用机构成立。它合并了东京大学东京天文台、文部省纬度观测所和名古屋大学空电研究所的第三部门，总部设在东京都三鹰市，首任台长为古在由秀。新机构接收了已有人员、设备与观测业务。
首册年报说明，45米射电望远镜等大型设施已使研究超出单所大学容易维持的规模，未来大型光学红外望远镜也需全国研究者协作。国立天文台因此向各大学开放观测设施，同时保留连续观测、研究、历书编制和时刻等公共业务。
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三鹰总部与分布式台站
东京天文台1888年设于麻布饭仓，1924年迁至三鹰；这次迁址早于国立天文台成立六十余年。水泽的纬度观测传统则始于1899年，在国际纬度观测体系中长期测量地球自转轴的变化。名古屋大学并入的部门主要从事太阳射电观测，使新机构的研究网络跨越多个地点。
成立初期的组织由六个研究系、八个研究设施及管理、技术部门组成。冈山天体物理观测所的188厘米反射望远镜、堂平的91厘米反射望远镜、乘鞍的日冕观测设备，以及野边山射电设施各有分工。三鹰承担总部、仪器和数据业务，远离都市的台站继续实施专业观测。
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位置测量和地球自转记录
三鹰的自动光电子午环持续测量恒星及太阳系天体的位置。1988年度因天气不佳，亮于约12等恒星的有效位置观测为27944次，少于原来预期的60000次；这些是观测次数，而非不同恒星的总数。观测计划覆盖基本星表、黄道带恒星、射电源附近目标和变星，兼顾参考坐标系统与具体天体研究。
原纬度观测所改组为地球回转研究系、水泽观测中心等单位后，继续研究极移和地球自转速度，并发展甚长基线干涉测量。台内人员参加利用日本鹿岛26米天线与美国台站组成的IRIS-P国际观测网，按月观测和分析资料。软件处理中发现的系统偏差，也通过与美国研究人员比较计算方法加以检查。
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射电和太阳观测的首年工作
野边山的45米射电望远镜与五面10米天线组成的干涉仪，研究分子云、恒星形成区、银河中心和外星系。首年年报记载，研究组与名古屋大学、富山大学及美国研究者共同开展星际分子谱线普查，并利用干涉仪比较分子气体和连续谱辐射在天体中的位置。改善指向精度、接收机自动化和亚毫米波设备，是观测工作的一部分。
太阳物理方面，三鹰、冈山、乘鞍与野边山分别提供磁场、谱线、日冕和射电数据，资料中心整理并交换太阳活动记录。研究人员还参加预计1991年发射的SOLAR-A卫星计划，与宇宙科学研究所及国外机构准备空间观测；地面长期记录为研究耀斑等快速变化提供背景。
新观测项目的筹备
1988年度年报将夏威夷莫纳克亚山上的大型光学红外望远镜列为准备中的计划，当时的方案口径为7.5米。地球回转领域的VERA计划也仍处在系统设计、观测地调查和关键设备研究阶段。
文部省1991年白皮书进一步记载，野边山太阳射电日像仪于1990年起建设，夏威夷8米级光学红外望远镜计划于1991年进入建设阶段。国立天文台建立的直接成果，是把已有台站、观测人员与资料交换组织到共同利用体系中；这些后续大型工程则分属新的建设周期。