抗疟任务与协作网络
二十世纪六十年代，疟疾仍在亚洲造成沉重负担，部分恶性疟原虫对已有药物的耐药性又削弱了治疗效果。中国于1967年启动后来称为“五二三项目”的抗疟研究，组织军队、医学研究单位和地方机构共同寻找药物。任务既包括合成化合物，也包括从传统药物中筛选有效成分。它需要解决的是可以检验的抗疟问题，而非仅凭药名或古籍记载认定疗效。
1969年，屠呦呦参加并领导北京中医研究院中药研究所的相关研究小组。团队搜集历代方药及民间经验，再制备提取物，利用感染疟原虫的实验动物筛选。这个程序把文献线索转化为可比较的样品；一种药材能否继续研究，要看重复检测的结果，而不只是是否曾被用来治疗发热。
从不稳定结果改进提取
青蒿早期提取物的效果并不稳定。屠呦呦在回忆中把葛洪《肘后备急方》的浸渍、绞汁记载列为重要启发：传统用法并非一律长时间煎煮，这促使她重新考虑提取温度和操作条件。团队随后调整溶剂与分离步骤，以较低温度制备提取物，并把不同部分分别检验。古籍提供了重新设问的线索，哪一部分真正有效仍由现代实验决定。
1971年取得高活性提取物，是这条研究链的关键进展，却还不能等同于获得纯药。混合物可能同时含有有效、无效和不利成分，产地、采集时间及处理方法也会改变结果。因此，动物筛选需要和化学分离反复往返：每分出一部分，就检查其抗疟活性是否仍然存在，逐步缩小应追踪的对象。
1972年的晶体与后续结构研究
1972年，中药研究所团队从青蒿中分离获得抗疟活性晶体，后来称为青蒿素。这一节点的意义，是把有效提取物进一步落实为能够称量、分析和比较的化学物质。晶体的出现并不意味着所有化学问题已经解决；确认组成、结构和活性关系，仍需要独立的分析与实验。
山东、云南的有关研究机构也参与了青蒿有效成分的研究和供样；中国科学院上海有机化学研究所、生物物理研究所等单位参与结构工作。协作逐渐确认，这是一种带过氧结构的倍半萜内酯，与当时常用抗疟药的结构不同。分离、结构确证和公开发表发生在不同阶段，不能把后来的化学认识全部提前放到1972年。
从实验样品到患者观察
候选物还必须跨过安全性、制剂和人体疗效几道关。早期研究包括研究人员自身试服以及在疟疾流行地区开展的临床观察；海南等地的患者研究，使实验室结果接受实际感染条件的检验。广州中医学院等临床团队及地方协作机构参与了后续工作。动物身上的活性只能提供继续研究的理由，不能直接替代患者资料。
1979年协作组在英文版《中华医学杂志》发表综合报告，汇集化学、药理和临床研究。报告支持青蒿素对疟原虫血液阶段的作用，也显示清除血中寄生虫与防止复燃并不是同一问题。临床观察需要区分疟原虫种类、给药制剂、疗程及随访结果。早期病例材料具有探索意义，不宜写成一次已经解决所有治疗难题的大规模现代随机试验。
一种成分开启的药物路线
青蒿素的分离为进一步制备双氢青蒿素及其他衍生物创造了条件。后续研究围绕溶解性、给药方式和药效展开，使从植物获得的候选物逐步成为不同制剂的基础。再往后，与其他抗疟药配合使用的治疗方案形成了新的应用阶段；这些成果不能与最初提取物或单一晶体的效果混为一谈。
这项研究的历史价值同时存在于实验与组织两个层面：古代经验提示可研究的对象，化学和生物试验筛掉不可靠线索，多机构合作则连接分离、结构、制剂和临床。把青蒿素称为传统知识给予现代医学的礼物，并不表示未经检验的草药可以替代标准化药物。真正让成果得以比较和推广的，是每一步对象、剂量、结果与局限逐渐明确。